mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCTTTTCTCTTTTTTGTTTT TTAAGGAAAGGCAAAAGGCAG AGGCGGCCTTTTCTCTTTTTTGTTTTTGTCCAACCTGCGAATTTTGGAAGGGACCTTGTTTCCCCGCACCCCCTCCACCCCGTGGAGCAATGCATGCAATCCACTAACTTTTATTCACTTCCATGGAACGCCCGTTATGAATATTGTGAATATGGGCGTTTCTTTAACCTGAGAAATGTAGTTTCGCACAGATTAAGGAAAGGCAAAAGGCAGTA AGGCGGCCTTTTCTCTTTTTTGTTTTTGTCCAACCTGCGAATTTTGGAAGGGACCTTGTTTCCCCGCACCCCCTCCACCCCGTGGAGCAATGCATGCAATCCACTAACTTTTATTCACTTCCATGGAACGCCCGTTATGAATATTGTGAATATGGGCGTTTCTTTAACCTGAGAAATGTAGTTTCGCACAGATTAAGGAAAGGCAAAAGGCAGTAGCAGGAAAGCGGCTTTCAAATAAAAAAAATATATAACGGAAATTTCATAAAATTACAAATACGTAACTTTTAGGCGACATCACAGCTTTTGGCAGCTTTTATAATAACTCCAAAATGCACTGCTCTAATCTGTTGCTTATATTCCCAACGCGTTTTTTTTTCATTTAAAAAAGCACAAACCGCAATCAAGAAAATAAATACATTACTTAGCCCCGTGCGGCAAAAACCACTCAACCAGAACCGCATTTCATCAGCAGCCTAAAGAGGCAAAATTATGGCTTTTAAGATTGCTGCCGCGAAAAAAAGGGGAGAACCGATCCACAGGGAGCCATTTCTCATTTCATTTTAAATTCTCGGTAATAGCTCCTTTTCGCGTACTTTGCAAATAGCGCTAATCCACCCACGTACGAGAAACGGCACAAGCTAGCCTTCGCGCACGGAGAGAGCACTTTAACCTGTTCGTTACCGCACGCGCGCAAGGACTGCCCCAGG 4 0 5' arm Petromyzon_marinus mirnest 100 100 -56.2 ..((.(((((((.((((((((...(((((.......(((((...((((.(((....(((......))).))).))))....((((((((.....)))..)))))..(((.((.((((.......(((((((((.((((((...))))))....))))))))).......)))).))...)))))))))))))...)))))))).))))))).)). (-56.2)