mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGCTGCTGCTGCTGCTGCT CATTGACAGTGGTGCACGA GTGTAAAACAATAATTGTGGTGATGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCATTGACAGTGGTGCACGAACACAATTAAACAAAAAC AGGCGGCCTTTTTTTCCCTTTTAGGGGTTAGCTGTGACAGCCGGTTTTTTTTTTTCCTTTAGGGAACGGCGACCGTGGCTATTTCCCTCTACAGCAAAGCCTATCTTTGACTCGGGGCATCTCTTTCTTAATAAACTTCCTGCCAAGCAGGGTGCCAAAGTCCAGCTGTCCGGGTCGTTCGGTTTTATCAAGAGCCTCGTATGCAAAGCGAGCTGCAATCAACTGACGCGCGAATGATTGTGACTGCAATAGATCGTTGTTTGTTGTGTATGTATGTTTTATATCAAACGGAAGGCACGTGCAACACGTATATACGGCAATAAAGAATATTATACACACGTGAAGTTAAACCCTTTCATCCATCGATTGTTACTATTATTAAGATTAATTATTCGTGTAAAACAATAATTGTGGTGATGCTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGCATTGACAGTGGTGCACGAACACAATTAAACAAAAACACACATCCATGCATTCGTCAATAACACTGTCTTTGAATTCAAATGTACGTAATCGGCGACGATTTAGGTAATGGCCCTTCTTCATGGG 3 2 5' arm Petromyzon_marinus mirnest 100 100 -23.6 ((.....))..((((((((.((.(((.(((((((.((.(((....))).)).))))))))))))..))))))))......... (-23.6)