mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGTGTGTGCATGTGTGTG CATGCGAGTATGCATGCGTGC TTAAAGAGAGCACATGCGAGTATGCATGCGTGCAAGAGAATGTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGATTGATTCT CGACCCACGCGTCCGGTGTGTGTGTGTGTGTCACTGTGTGTGTGTGTCACTGTGTGTGTGTGTGTCACTGTGTGTGTGTCACTGTGTGTGTGTCACTGTGTGTGTGTGTCACTGTGTGTGTGTGTCACTGTGTGTGTGTGCACCAGCGCGTGTGGAAGTAAAAAAGGAGGAGCGATAATCACAGGGTGCGTGTAAGAGTTGACAAGTGTGAGCAAGCACGTGTGTTAAAGAGAGCACATGCGAGTATGCATGCGTGCAAGAGAATGTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGATTGATTCTGTGCCATAACACCAACGGCATCATTGTCCTTGTGACCCTCTGGCCGCAAGCGAGCCCTTCGATGATGGTGGAAGTGGTGGCGGTGAAGGTGGAGGAGGCTTGTGAAGGATGCTACTGGGCAGTTGGAGGCAGTCACCCTCCAGCAACAACGGAGGGCAGAGAAGCGACGCTCACAACAACGAGCGGAGCGCCGGGCGGATAACATTCAGCAAGTTGGCACAGTGGTGGGTACAGCTGGTGCATCTACCAGTAATCTCAGTCAGCCAGCTCATGGCACCTGGGTCTGTCCCGGGGCCTGTCAGTGAGCCTTCGACATTTTGCGTGG 1 0 3' arm Petromyzon_marinus mirnest 100 100 -25.9 ....((((..((((((((.(((((((((((((((......))))))))))))))).)))))))).....)))) (-25.9)