mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGTGTGTGCATGTGTGTG CTTGCGAGTATGAATGCGTGC GGAGTTGACAATTGTGTGCCAGCACGTGGGTTAAAGAGAACACTTGCGAGTATGAATGCGTGCGGCATAATGTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGATTGATTCTGTGCCATAGCATCAACGGCATCATTGTCCT CGACCCACGCGTCCGGAGTTGACAATTGTGTGCCAGCACGTGGGTTAAAGAGAACACTTGCGAGTATGAATGCGTGCGGCATAATGTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGATTGATTCTGTGCCATAGCATCAACGGCATCATTGTCCTTGTGACCCTCTGGCCGCAAGCGAGCCCTTCCATGAT 3 0 3' arm Petromyzon_marinus mirnest 100 100 -33.8 ....(((((...(((((....)))))...)))))......(((.((((.(((((.(((((((((......))))))))).))))).)))).))).(((((.((((...)))).))))).((((....)))).. (-33.8)