mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCGGACCACGCTTCATTCCC GAATGTTGTCTGGCTCGAGAG TTCTTCTTCTTCTTCATGAGGGAGGTGGTGGCTGCTTCTGCTGCAAAGGTTAAGGTTGAGAGGAATGTTGTCTGGCTCGAGAGGTCTTATTAGCTTCATGAATTGTTTGATTTGATGATGATTAGTCAAAGTGACTAATAATCTCGGACCACGCTTCATTCCCCCCATCCAACCTTTGCTATATGCTTCTGCTTCTGCTTGCTTCCACTTTCTTTTTAATGT AGGATGAGTTGGTGGTTGAGGGGAATGATGGCTGGCTCGAGGCTTCAATTTGGTTTGGGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCTCTCAAACTAACTAAACTCCATCATTATATTCTTCTTTTTCTTCTTCTTCTTCATGAGGGAGGTGGTGGCTGCTTCTGCTGCAAAGGTTAAGGTTGAGAGGAATGTTGTCTGGCTCGAGAGGTCTTATTAGCTTCATGAATTGTTTGATTTGATGATGATTAGTCAAAGTGACTAATAATCTCGGACCACGCTTCATTCCCCCCATCCAACCTTTGCTATATGCTTCTGCTTCTGCTTGCTTCCACTTTCTTTTTAATGTTAAGTTCCTCTTTTGCAACCTCCAAATTTTCCAAATTAATTATAATGGAAAATAAAATGAACTGGCAAGTGAGCCAAAACAATGCACATCAAGGCAGAACAAGTTGAAAGGCTCTTT 5 0 3' arm Arachis_duranensis mirnest mir-166 9.0E-7 ptc-MIR166q 3.0E-9 -65.5 .................(((((((((((.(((.((....((.(((..(((.(((((((.((((((((..((.(((.((((((.(((..(((((...((.....)).)))))..)))....((((((((...))))))))..)))))).))).))..)))))).....))))))))).)))...)))....))....))..))).)))))))))))....... (-65.5)