mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCAAACTCGAAGGAGTTTCA AAGCTCATTCGATTTTGATCA TCTTTCAATGAATTTAGTATGCCCAAACTCGAAGGAGTTTCACATCCATAGGAGCGGCAGACCTGGAAAAGTTTTCAGAGCCAAAAAAAAATTCATATGATGATGCATTTTCAGTCTCTGAAAACTTCTTCAGCAGAAGTTGATTTTAGCGAAGTGAAGCTCATTCGATTTTGATCATACTAACGACATTTGTGG TTCGGCATCGTCGGTAGTCGACTGTTATTTCCTATATCAACTACAAAATATTTGGATTCAAAATAAAATTTTATACAAACCGGTTAACATTCGTTAAAAATAAATAGCCACTGGTTCATTTGGTTATTATTGAAGATGATGGATGGTATTTCCGAGCCAATGGATCTTTGCTGCCGTAACTAAACTATAGAGCTTACATATGTGTTTCTCTAGATGGCCTCTTCAGCAATTTTCACCAAGCAGCTGGACAATAAATATGTAGTTTTGGATACTTGGCAGTCAGGATGCTCTTTCAATGAATTTAGTATGCCCAAACTCGAAGGAGTTTCACATCCATAGGAGCGGCAGACCTGGAAAAGTTTTCAGAGCCAAAAAAAAATTCATATGATGATGCATTTTCAGTCTCTGAAAACTTCTTCAGCAGAAGTTGATTTTAGCGAAGTGAAGCTCATTCGATTTTGATCATACTAACGACATTTGTGGATGCT 4 0 5' arm Drosophila_simulans mirnest 100 dme-mir-997 2e-62 -56.9 .............((((((((..((((.(((((.(((((((((.((..(((((.((((....(((((.((((((((((((.......(((((.(((......))).)))))....)))))))))))).))))).....)))).)))))..)).))))))))).))))).))))..))))))))..((....)).. (-56.9)