mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACGCACGCACCCACACTCGC GCGTGTGTGTGTGCGTTCA TTTTGTGTGTGCGCGTGTGTGTGTGCGTTCATAAGAGCCTTAACTGACCAGCAAAAGCAAATACGCACGCACCCACACTCGCACACCCATC CATCGAGCACATAAATGCTTCCTACACTGGACTGATCGCGTTAAAGCAAAACCATTTCGGTCCCGGTAGCTTGCTACAGTTCTCTGGTTTACACGATAAAGCATATGTAATTATTAGATATTACAATGAGTCCTTAGGTTATTTCGATATTTAAAATGTCCTGCGTCAAGCTTATATCCTTACCGACGTAATTAACCCACTTGCACGGCAACTGCACCGCTGGCGAAATGTATGCCACTGTGGTGTGGCAGTGGCCACAAAGAAAAGCGCCAAAAATCCGCAAACGGCGTGCAAAAATTTGCCTCGCTTTTAATGGCTCACATTGTCGATTTTGTGTGTGCGCGTGTGTGTGTGCGTTCATAAGAGCCTTAACTGACCAGCAAAAGCAAATACGCACGCACCCACACTCGCACACCCATCGAGCCAAAG 2 2 3' arm Drosophila_simulans mirnest 100 100 -31.1 ...((.(((((((.(((((((((((((((((((((...))))..)))...((....))....))))))))))..)))).))))))).)).. (-31.1)