mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCTGGTTGAAGGGGACCAA GGTTCCATTTTACCAGCTTTA GTAGTCATCAAAGCATAGCTACAGCTGGTTGAAGGGGACCAAATCCATTCAAGAGGTGATTTGGTTCCATTTTACCAGCTTTAGCAAAGCATTGTGGAGTC GGGATTGGATTCTTTATTAGTCAAATGAGACAAGTTTAGCACAGTCACTGAACACTCCAGATGTTGCTGGTGGAGAGAAAGCCATAAGCCATCATCATCAAAAAGTAGCCTGCTGTTATTCCAGTGATTGTTTTGAATGCGTCACAGCAAAAGGAGCTCCGGTAGTCATCAAAGCATAGCTACAGCTGGTTGAAGGGGACCAAATCCATTCAAGAGGTGATTTGGTTCCATTTTACCAGCTTTAGCAAAGCATTGTGGAGTCACTGTGTCAGAGACAAAACGCTTGAACTGTTGAAAATACAGCAATCATTTTTTATCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Oreochromis_niloticus mirnest mir-133 2e-27 dre-mir-133a-1 8e-45 -39.2 ....((..(((.((...((((.(((((((.(((.(((((((((((...((....)).))))))))))).))).))))))).))))...)).)))..))... (-39.2)