mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGTTTTGTTTTTTGTTTTT TGAAACGGGAAGTAAAATGATGA TGGAAAGGAAAACGTGTTTTTCTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGTTATCTTGCACTGAAACGGGAAGTAAAATGATGATGTACCATTTTTCTTGAC GGGATTCTCTGTTTTGTTAAAACAGCAAAGAGGTGCAGTCCCACATCTGAAGAACTTCACCCTCCAAAAAAAACAAAACAAAAAGCAAAAGGTACATTAAAGATGGTGGCAGTGAATTCTTGGTCTTTTGGTTTAACAGGTCATAGCTCCGCACGACCACGATTTCATTGAACTGACGCTTCGGCGATGTCTCAGAATAAAATTCAGACACTTGCCGTAGTTTTGATCGACTCATGGCAGCAATCGGGTTGACCCCTGGACTCACAAGTTGTCAGACTGTTGTTTTATTTTTTTTCCTCAGCAACAATTTTTGTAAAGATCTGTATGCGTGGGGCTCGTCGGGCCCCTCCAGCCTACAGACGAGCAAATAACTGCACTCACTTTTCTAGCGTTAAAACATTTGTATTTTCATATGCTGATTATTCACTGTGCATATTTTATTGAGTTATCTGAATGCTATACATGTCAGCTCCTCCTTTTCCATTAGCATGTTTTGTTTTTTATTACCACTCGGTAAGGGAGGGAAGACCTTTTGGTTTCAGCTGGAAAGGAAAACGTGTTTTTCTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTGTTATCTTGCACTGAAACGGGAAGTAAAATGATGATGTACCATTTTTCTTGAC 1 2 5' arm Oreochromis_niloticus mirnest 100 100 -17.3 ....((((((((...((..((.((((((((((((((((((((((......)))..))))))))))))))))))).))...))..))))))))... (-17.3)