mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTTTGTTGTTTTGTGGTC TCACTTGGATGATGAATCCCAGC GGTGAAATTGGATCACTTGGATGATGAATCCCAGCAGTTTATTGTTGATTTTGTTGTTTTGTGGTCTGACTTTGG GGGGAGAATTCTGTCGAGCGGTGAAATTGGATCACTTGGATGATGAATCCCAGCAGTTTATTGTTGATTTTGTTGTTTTGTGGTCTGACTTTGGCCCAGGATACTATCGAAACACAATCACCTTCATGCGTCGACACATGTAATAACGCCAAAGAGTTTGGTGCCATGACAGAAAAAATAAATTCTTTGAAAACCATGATGATGAACATTGAAAACAGGCTGACGGGCTACGAAAGTCGCATTCTGCAGCTGGAACAAAAGGAGAGAAACACGGTCATATTCAGTGCTGGAATTGGGGGAGGTTCACCATTGGGTCCCTTTAACACAGACCAAACTATAATCTATGATAGAGTGTTTTTAAACACTGGAAATGCCTACAACGAACTCACAGGTATCTTCACAGCACCTGTTTCAGGTGTGTACTATTTTACCTATTTCTGTCATTCTGGAGGTGTCCGTAAAACATCGCTGCATTTGTACAAGAACAATGAGGTGATACTGCACATCCATGATCACCAGTCAGCTGACGGGGCTGATAATGGAGGAAAT 3 2 3' arm Oreochromis_niloticus mirnest 100 100 -23 ...(((.(((((((((..((((((((((...((((((....))))))..)))))))))).))))))))).))).. (-23)