mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGGGTTGGGGGAGGGGTGGT TCCCCTCCTCTGATTACCT AGCTCCCCTCCTCTGATTACCTGGTTTCAGTGACTTTGACTGCTGGTGATGCTTTTGTCGCTTCTGGACCACATCTGTTAAATATTTTCTGAATGTTGGCATGATGATGTCACTCCAGGGGCGTGGTCTTTCAGGTGGGTTGGGGGAGGGGTGGT GGGGCAGCTCCTCAGCGACACTGTAAAAACACTCAGCCACACATCTCTCATCCAATCAGGTGACAGGAAAAAATAGCTCCCCTCCTCTGATTACCTGGTTTCAGTGACTTTGACTGCTGGTGATGCTTTTGTCGCTTCTGGACCACATCTGTTAAATATTTTCTGAATGTTGGCATGATGATGTCACTCCAGGGGCGTGGTCTTTCAGGTGGGTTGGGGGAGGGGTGGTG 1 2 3' arm Oreochromis_niloticus mirnest 100 100 -53.1 .((((((((((((((.((((((((.......((((..(((.((.......))....)))(((((((((..(((((.....(((((((...)))))))........)))))...)))))))))..))))..))))))))..))))))))))).))) (-53.1)