mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATTGTGTGTTTGTGTGTGTC TAAACACAGATCGCTTGGGA AAGAATATTAGGTCAGCCAGATAAACACAGATCGCTTGGGAGGAACCACAGATGGATGAGTCGTGTGTCTATGATTGTGTGTTTGTGTGTGTCATCCATGAACATGTGTGGACATGAAAGAGGTTTGTAAGC GGGATCTTCTTCTCTGCCAATATAAGAATATTAGGTCAGCCAGATAAACACAGATCGCTTGGGAGGAACCACAGATGGATGAGTCGTGTGTCTATGATTGTGTGTTTGTGTGTGTCATCCATGAACATGTGTGGACATGAAAGAGGTTTGTAAGCATCATAAAGACTGCAAGGGTACGTTTGCATCATTCAGTCATTAGTTTTCCAAATTCTCTCAATAACCGGTTGTAGCACTTTACACAAATTCAACTGAAGCCAGTTGCATTGAGATATGTTTTGCAGAAACAGTGTAGATAAGAAAGGTTGTGAGGTAAACAAAAAAGGGTTACTGAATGCTTAAAAAAGAAAGGGGGTCGGGGGGTGTAAAGCAGGGAAAAGGAACTGATCCGATGAAAAATGAACAAAGGTAAAGAGCAGAGGAATATCTGTGCTATAAGAAAACACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 1 3' arm Oreochromis_niloticus mirnest 100 100 -26.8 ..((........)).....((((.(((((((((((......(((..(((.(((......))))))..)))......))).)))))))).)))).((((((......)))))).(((((.....))))).... (-26.8)