mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAATACTGTCTGGTAATGCC CTTACCAGACATGGTTAGA CCTTCCAGCCTGTTGATAGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGATGTAATTATTGGTGTCTAATACTGTCTGGTAATGCCGTCCATTAAATGGCATTACC GGCGCAGCAAAAGAGGAACTGCTCATTTCAGCCTGTTTCTGCAACACTGTTCTCTTCCCTCCAGCTTTCATCTTCCTCTTTGCACAGGTGAAAGCTCAGAAGTCATCCTTCCAGCCTGTTGATAGGCGTCTTACCAGACATGGTTAGATGTAATTATTGGTGTCTAATACTGTCTGGTAATGCCGTCCATTAAATGGCATTACCTTCTGCTCTCTTACTTCCTCTTCTCACACTCTCGTGCATCTGACACTCAGCGTATTGACAAAGGGCAATCCAGGGAGGCACATCAGCATATTAACAGTAGTGGCAGATGGGGCTGAGTGATGACTATGGAACTATGATCCTTGCGCTGGAAGATGGTTTGATTTTTTGGTGGTTTCTTCCATGTGCCTTGAGTCAAAGTTTCTCAATTGAGCAGCAGTTCAGGATAAGACTGGACTTTTGGGGGTCTTTGTGCCGTAATCTGGCTTCTGACAGGAATGTTAATGTGAATATGATGTAAAAAAAAGGATTAGAAATTGTGTAACGTTTCTGTTGAAAGATCGGCGTTCTTACTCTTACCGCAATAACTAAATTCCTTTTGGGAACTTGGATTTTCTCCAGGTACAGAAGAACAATGCACACAGTTTTTAAAACTCTCACACACACTCTGTACATAGAAACTGT 4 0 3' arm Oreochromis_niloticus mirnest 100 tni-mir-429 7e-42 -32.7 .......(((..(((((.(((((.((((((((((..(((((((............)))))))..)))))))))).).)))).)))))..)))...... (-32.7)