mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGTAGTAGGTTGTATAGT TATACAGCCTATTACCTTCCT TCATTTGGGTTTGAAGTTGAGCCTAGCAAGGTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTTTGTGGGATGGACTCAATCCTATTCAGGTGATAACTATACAGCCTATTACCTTCCTTGAGAGGTACAATAAGTGCTTGGAATGA GGGCTAAGGAAACAGGTTAATCTGCGGAGATGCCAAATCTTATATGCACGAGAAGCTCCCTGGATAAAGGAACGCATCACTTATGAAAATACAAATAATCTACCCACACCTGTTTAAAGACAACTGCAGTCAAAAGAAAGACTGTCATTTAATTATGTAATCGAACAGTAGAACCTGTCTACCCTTTCTAATTGGTGTATACTGACCAAAGCCTTGTTATTAAGGCTTTTCATTTGGGTTTGAAGTTGAGCCTAGCAAGGTGAGGTAGTAGGTTGTATAGTTTGTGGGATGGACTCAATCCTATTCAGGTGATAACTATACAGCCTATTACCTTCCTTGAGAGGTACAATAAGTGCTTGGAATGACATTTCCTCACTGACCTAAGTGATGAAGGAGCCACTCTGATGCCATCTTGTGGCAAAAAGACTATCATAGCTCCACAAATGATCTTAACTTTGGGACCTGTATTGTATTGTAACCTGCATTGTATATATCTGATATAGTAATAACAGATTTACAGAATAAAAAAACAGGCATATTTTCACTTGACAAGTTAATTTTTAAATGAGCTGCAATATAATTCAATGACAAAATTTATAGCTTAAAGAATGCATTTCAATGAGCAAATGTTAGCCATCTAATCTCCAGTATCACTTC 1 0 5' arm Oreochromis_niloticus mirnest let-7 2e-28 fru-let-7a-3 4e-32 -51 ((((((((((.....((((.((((..(((((.(((((((((((((((((((((.(((((((.......))))))).........))))))))))))))))))))))))))..)))).))))....)))).)))))) (-51)