mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTATTCAATCTACTACCTCAG GACAGTAGATTGTATAGTT GACTCGGCTGTCTCTTGGGAAAGACAGTAGATTGTATAGTTATTTAAAAAAGAGGTTACAAAACCCCACAACTATTCAATCTACTACCTCAGCTCCAAGGACAGCATCCAC GGGTGTTCCTCAGTGTGCAGTGAGCTCCTCAGGGAAGGCAATAGACTGTATAGTTATCACCTGAGCAGGGTGCAGTCCCACCCACCAAACTATACAACCTACTACCTCACCCTGTCAGAGCCCAAGTCAAACACACCCCAGGTTCGCCTTTCGAAAAATGTTGGACCTATTTACCTGCTCGACGTGAAAACAAGAATAAGACTGCTGAAAGCTCATATTTTTGCTTGGAGATGGCAGTCGGCGAGTGGCTGACTCGGCTGTCTCTTGGGAAAGACAGTAGATTGTATAGTTATTTAAAAAAGAGGTTACAAAACCCCACAACTATTCAATCTACTACCTCAGCTCCAAGGACAGCATCCACGTTGCTTCAACATCGAAGATCCACAAAGGTATCCTTCCTGCAATGGCACAAAGAAAAAAAGCGCTCAATAATATTAACTAACTTGTAACTGAAATGCATCTGGTTATTAAAGTATTATTCTCGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 2 3' arm Oreochromis_niloticus mirnest let-7 1e-28 tni-let-7e 2e-30 -30.5 ......((((((.((((((...((.(((((((((.((((((............((((....))))....)))))).)))))))))...))...))))))))))))...... (-30.5)