mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACCCTGTAGATCCGGATTTGT AAATTCGCTTCTAGGGGAGT TCAGTTAATGTCTTCTATATCTACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAAAATCATTAATACAATCACAAATTCGCTTCTAGGGGAGTATATAGTGGATTTACACA GGGGCCGTTTTGTTTTTGTAGGCCATATTTGTAGGCCTTCTGTCTGTATTTCCTTTTGCTTGCTCCGACCACATTTACCTTATTTCACAACTTAATATATATATATTATAATTATTGCTTGTTTGGTTTTGGGTTTCTTTTTGGTTTGTTTGCTTTTTTGGACACTGTCGAGTTACAGGAAGCGTGAAAGTATTATAACTTCATCTGCCAACTCCCCACCCGCGGTGAGCGGGTCACGGGTCAGAGATAGTACTGACGAATGGAACTGTCCTATAGTGGAATTTCTCTAAGCAATAAAATCCTGTGGACGGCGTAGATCTGCGCCCCTACAGCGTCAGTTAATGTCTTCTATATCTACCCTGTAGATCCGGATTTGTGTAAAAATCATTAATACAATCACAAATTCGCTTCTAGGGGAGTATATAGTGGATTTACACACAACGGCGTCTAAGGATCCAACACAGTGAGGAGAGGCCTTCAGCTACGGTTCCTGGCTGGTAGAGCTTTTGTTCAGTTAGATTCTTATAGAATTCGTTCGATAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 1 5' arm Oreochromis_niloticus mirnest mir-10 5e-31 fru-mir-10c 2e-42 -25.9 ...((....((((.((((((((.((((.((((..((((((((((...................))))))))))..)))))))))).)))))).))))..))... (-25.9)