mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGT ATACTTCTTTATGTACCCATA TCCTTGGTGCACATACTTCTTTATGTACCCATATGAACATATGATAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTCTTGGT GGGGGGGGGGGACTGGCTGTTCAGCCTTACATGGCAACCAAAAGGAAAGCCTTGAGTGTTGAACTGAATTTACACTCAAAGTCACCTTACAGTGCAGACTACCATACTTGGGAGAGAGAGAACGGTGAGGAAAAATGCTCTGCTCCTAACTTCCTGACCTTGGAAAGAGGTGAGAAAATTTCATATCTAAGATTACCTCCTTGGTGCACATACTTCTTTATGTACCCATATGAACATATGATAGCTATGGAATGTAAAGAAGTATGTATTCTTGGTGAGGTTCAAGCCCTCGTTCTGGAAAACTGTTGTGCAGCACTGTCACAGGATACGTTTATGCTTTGTGTCAGATGGTGAAAAGAAAAATAGCAAACAAAGGTAAAAGGGAGGCAGGAAAAGAGTGAATTAATCTAAGTGGTGAGGCTCATACATTAGCTATACTGTCTCTGGGCAGTCTCACTGCAGCAATACTCGCTGTAGGGAAGTTTCTGCTTTCTCAAACTGGCTGACTTGGCCAATAAAAATCTCTCATCCAAGATACGTTAACAATTCATTTGACAATTACTTGG 1 1 3' arm Oreochromis_niloticus mirnest mir-1 3e-28 tni-mir-1 2e-32 -21.5 .((..((...((((((((((((((((..(((((...............))))).))))))))))))))))..))..)). (-21.5)