mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCAGTCACAGTGTAGGCTC GCCCACTTTGTGTTTGCAGTA CTAATCTGGGCCTGCAGTCACAGTGTAGGCTCCATGTAAACTGTTGCCTCTCTGTGGAGCATGTTTCCATCGCCCACTTTGTGTTTGCAGTAGCTGCTGA TCGGGTCAGCCAAAACCAGAGCCAACGTTGACAAGGTGTTCTTTGACCTGATGCGTGAAGTGCGAGGCAAGAAAATGTCTGAAAACAAAGACAAGAACGGGAAAGGGAAGAACAAGAAGAACAAGAAGAGCTTCAGGGAGAGATGCTGTTTACTCTGAGCTCCACAGAACAGAGCTCAGCGTCTTTGATTTAAATGAATCTGATTATTTTTTATTGATAGCTTGTTATAGTTTCATGTCTAGAACAACCTCAACCACTATGTTGCCAATCTTAATGAATGAAAGCTGACTGGCTCTGCTGTGAGGATGGACGGTGACTGCAGGGCTTGATGGCTCACAGGAAGCCAGCGACCAAACTGCCATTGACACTAACTCTGCTGCTCGACACGTTCAGCGGTGCCTTTCCTTTGGTTCCTTTCTCTCTACAAAGCCGTGCTCTTAGTTTGTTCGCCTCCTCTAATCTGGGCCTGCAGTCACAGTGTAGGCTCCATGTAAACTGTTGCCTCTCTGTGGAGCATGTTTCCATCGCCCACTTTGTGTTTGCAGTAGCTGCTGAAACTGGAAGTTTAATGTCTGGTTTTCCCACTGCCTTCAGGTTTCTTGAATATTTTTTTTCATTTCATCCGAGGAATTGTGAGGTTTTTTCATCCCAGGAGGTTCATACAGTGCAGCGCAGTCGGGGCGGCTATCCTGATACGATTACCATAAATCAATGTTAAAACACATTTTCAGTGAGAAAGCTGTAAATTACATCCTCGCTGACTCAGAATCCACTCATTTCTCTTCACGTACACGCGATCAGATATTTTAACGTTTGTTCTGTATT 5 0 5' arm Oreochromis_niloticus mirnest 100 100 -29.8 ........(((((((((.(((((.((.(((...(((.((((...(((.(((....)))))).)))).))).))).)).))))).))))))..)))..... (-29.8)