mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCATCATCATCATCATCATCA GTGTCGGTGTTGGTGATTGT TTACTTTTTCTTTTTGTGTTTGGTTTGGTTTGGTGTCGGTGTTGGTGATTGTGTTGTTCTTCTAGCTTCCCTTTTGTTGATTTCCATGGTATCAATTTGATTGCATATCAAGATAGTGCAAAAAAAGCAATCTCACTTAGTGTGAGAGTGGGAGAAAGTGAGTTAAAAGAAGGGGTTTTGTGCGTGTTGATATCTCTAGTTTATCTAATAACACAAAGCAAGAAAATGCCCTTGGAAGGGATTTTCATAGAACCACCACCATCTTCGTCCCCTTCAACTTCACTTCCTGATCTCTCTCTCAACATTAGCCTCCCAAATTCTTCTTCTTTATCCTCCTCGGTTCGGCCCGGTCTTATCGATTCCCCTTCGAAATCGCACACCGCGCAACAACCGTCCTATACCTACCTCTCCCTCACAAACCCGTCAACAAGTTTAGCCCAAAGAGATCAAGACAACCCGCATCATCATCATCATCATCAAAACATGAACCAAAATCATATAAACCAAG TTATTTTTTACTTTTTCTTTTTGTGTTTGGTTTGGTTTGGTGTCGGTGTTGGTGATTGTGTTGTTCTTCTAGCTTCCCTTTTGTTGATTTCCATGGTATCAATTTGATTGCATATCAAGATAGTGCAAAAAAAGCAATCTCACTTAGTGTGAGAGTGGGAGAAAGTGAGTTAAAAGAAGGGGTTTTGTGCGTGTTGATATCTCTAGTTTATCTAATAACACAAAGCAAGAAAATGCCCTTGGAAGGGATTTTCATAGAACCACCACCATCTTCGTCCCCTTCAACTTCACTTCCTGATCTCTCTCTCAACATTAGCCTCCCAAATTCTTCTTCTTTATCCTCCTCGGTTCGGCCCGGTCTTATCGATTCCCCTTCGAAATCGCACACCGCGCAACAACCGTCCTATACCTACCTCTCCCTCACAAACCCGTCAACAAGTTTAGCCCAAAGAGATCAAGACAACCCGCATCATCATCATCATCATCAAAACATGAACCAAAATCATATAAACCAAGGGGTTTCATTACTTGATGTTTCTGACTGTTTGAGGCCAATTAAAGGGATCCCAGTATATCACAACCATCAGTTTCCTTTTTTGCCTAATTTGGACCACTCATCTATGGACAAAGATCCAAAGCTGTGTTTTTATCCATCATCTACTTCACCTTATAACTTTGGTGCTAATTCCGGAACACACATGCCCTTTATGAACCATGGACTCAATGGTCCAGCTTCTCCAGGTTATCGTGTGCCTGGAACCTGTGGAACCATTGGTGGTGTATCAAGATTTAATGGTTACCACCACCACTACCAAA 3 1 3' arm Helianthus_paradoxus mirnest 100 100 -99.5 ..........(((.((..(((((((((.(((((((..((((.(((((((((.((((((..(((.(((.....(((((((((......(((((((...)))((((((.........))))))((.(((.........((((((((((((.((((..(((((((((....((((((((((((((..((((((((.........)))).)))).))))))))..((((((.((((....))))))))))...(((...........)))...))))))))).)))))).....)))).))))).)))))))...........))).))...(((......(((((..((.((((.....(((((.........)))))...)))).))...)))))....)))..))))................)))))))))...)))......)))....)))))).)).))))))).))))..)))))))...)))))))))..))...)))..... (-99.5)