mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAAATGGATTAAAATCGGGG CTGATTTTATTCTGTTTACAA TTGGTCAATATGGAAATGGATTAAAATCGGGGTCTATGAGAATTGGCTCTGATTTTATTCTGTTTACAAAACGTGGG CGTCCGCCCACGCGTCCGCGGACGCGCNCCGTGAGCGCGTCGACCTAATAAAAATAACAACAAATCATCAAAATGGATTCGACGTATCCAAGTTTAGCGAGAGCTGGTTTGGATCAGAATTATCTACATGCTAATTCGACAACTCATGAGTTTTTATTTGGAGCACTAGCGGAATTGGTTGATAATGCGAGAGATGCATCTGCCACAAAAATCAATGTTTTTACTGAGAATGATGAACGTTGTAGAGGAGGCTTTACGTTGAATTTTTTAGATGATGGCGAAGGAATGGATGCCTCTGATGTTTCGAATATTGTTCAGTTTGGTAGATCTTCTAAACGAGCAGTAAATGACAACATGATTGGTCAATATGGAAATGGATTAAAATCGGGGTCTATGAGAATTGGCTCTGATTTTATTCTGTTTACAAAACGTGGGCTAACTATGACCTGCCTGATGCTCTCGCGATCATTTTATGAACGGGAGAGAATTCAGACCATTATTGTTCCAATGCCATCATGGGAGAGTGACACGAAGCGACCGATACTAAATGAAATTGGCGGAAAGGGTCGCTATGTTACAGAGATTGGTTTAATTACAAAATATTCTCCATTCAAAAGCGAAAAGGATGTAATGCGACAGTTTGATTTAATCAAAGATAAAACAGGTACTTTGATTGTGGTTTACAATATGAAACTGCTTGATTCTGGTCTTCCTGAACTTGATATTAAAAGCGATCCTACTGATATACGAATGTCAGAAATGGACAATGAAGACNAAAGTAACTGGCC 2 0 5' arm Molgula_tectiformis mirnest 100 100 -24.4 ..........((.(((((((.(((((((((((((.((....)).))))))))))))).))))))).))......... (-24.4)