mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGAATGGTTTAGTGAGGTC CCTAATTTGACTATTTAGAGG CGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGTCGTTGGATTGGTGTCGTTGTAGTGGCTTTATCGCTGCTCGACTGATATCGAGAAGACGACCTAATTTGACTATTTAGAGGAAGTAAAA GTGCCAGCGAGCCTGGAAACCTGGCCCGAAAGGGTTGGGCAAACTGTTTCATCACCGTCGTGACTGGGATCGGGGCTTGCAATTATTCCCCGTGAACGAGGAATTCCTGGTAAGTGCAAGTCATAAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGTCGTTGGATTGGTGTCGTTGTAGTGGCTTTATCGCTGCTCGACTGATATCGAGAAGACGACCTAATTTGACTATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTAACAGACCCTATAAACAAAAAGCTGAAGCCATGGATCTGTGCTCGCGTAAACTATCGGCCTTCATGGTATGTGGAGGTGACAGGGTTTGCTTCTTCGAGTGCAGTTGAAGTGGATATGAATATATATATATATATATTTCATGATAATAAATGTGAAGCCATGGATCTGTGCTCGCGTAAACTATCGGCCTTCATGGTATGTGGAGGTGACAGGGTTTGCTTCTTCGAGTGCAGTTGAAGTGGATATGAATATATATATATATATATTTCATGATAATCAATGTGAAGCCATGGATCTGTGCTCGCGTAAACTAATCGGCCTCAGGGGATGTGGAAGTTACCGGGTAGCGTCCCCAATGGCATTAAACCGGAGACAAACCCACATCTCTAACCCAACCCGGGACCGCCCCATTCAAAGCCCAAGGGCTCCACGAGAACCAGG 3 0 5' arm Schistosoma_japonicum mirnest SSU_rRNA_eukarya 5e-62 100 -45.4 ...((((.((..((((((((((.(((.((((((((...((((((((((((.((((((......)))))))))).))))))))...)))))))).))).)))))))))).)).))))... (-45.4)