mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGATTATTTTGTTTGTCA ATAAATACGATAAACAAATAG ATTAATAGAAAATTTGATTATTTTGTTTGTCAACATGAAAATGGATAAATACGATAAACAAATAGGGAAAATT ATTTTTTTTTTTGTAGGATTTTTTTTTTTTACAAAACTATAACTACTAATATATTTCTTTTTCATTCAAATACAAAACAAATTTAAAAAAAAGAAAAACTCAACAATTCTACTGTATAGAAATTTCATGAAAATATGTGCATCTGAAAATTAATCTTCACAAAAGTCAAATAAAGAAAATATTCGGTTTTTTTTTGGTAGTGGAGGCGGCAGTGGGGATAAATGAACGGTAAAGGAATAATCATAACAAAAACACAATGATAGTGACATATTTTGATTTGTTATTTGTTTTTAGCATTGGAAAACAATATTAGTATCATTTAATGATGATAACTAGTTAATCATCCAATGAATCTCTCTACAACATACAGATTAGAATTCAACATGACTATGTAGATTAATAGAAAATTTGATTATTTTGTTTGTCAACATGAAAATGGATAAATACGATAAACAAATAGGGAAAATTAAGAAACCACTTTTCAATATGTAATAGTGAAGACAATGTTAATACCAGGACCGGTATTAATAGTAGTATACATGTGTATACTAAACAGAACATAAGAGCATAGAAATAATGAAAGACAACTAACATAAACAGAAATTTCTTTAATTTTCATATCTCTACAAATAATATGCATATATGCATGCATAATAAACTGGAACAATACAATCTATGTTGCTACATACAATTCATTGTAAAACAACAGGTTATTTGCAGTAAAAAAGATGAAAGATAATAAATTTACTGAGAAAAAATAGAGAATAATGTTTTGTATTTATGCTATACCCATGATNAATTATAACCTGACCNAGTGGAAGGTGGAGNCATATACAAACGAT 3 0 5' arm Schistosoma_japonicum mirnest 100 cin-mir-4111 0.0008 -14.1 ...........(((((.(((((.((((((((..(((....))))))))))).))))).))))).......... (-14.1)