mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTGTCTGGTTGTGTGTGTG TATATACGGATGGATGAATGA TATATATACATACATATATATATATATACGGATGGATGAATGAATGAAAAATAGGACGGGACGAATAGATAAAATTCGAACTGTAAAGGATATTTCGCTATGTTAATTTTATCTTGATATGTCTATTTGTGTTTGTCTGGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCAGTGTGTGT GTTTTCCTTATGTGGAACTTTTTATTCATTCTTTAAATCATTTCTCATCAGCTGAAACATCTAACAATTTGTTACAAATGACACAATGATAAAATATTCGAATATTATACGTACTTATATATATACATACATATATATATATATAATATATACATATATATATCCACGTACTATATAATATATATATATAATATCAAAAATGTTTAAAATAGGATAACCCCACATATATATGGATATATATACATATATATCTTTCTATTATATATACATACATATATATATATATACGGATGGATGAATGAATGAAAAATAGGACGGGACGAATAGATAAAATTCGAACTGTAAAGGATATTTCGCTATGTTAATTTTATCTTGATATGTCTATTTGTGTTTGTCTGGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCAGTGTGTGTGGCCCACACTGTGGGGGTGTGTGTATAGGTGTGTATATGTGTAGTGTATACATGACATGTTTGCAAAAATATTACGCACAAGTAAAATGACAGAGGATAAAACGTTAAAATGTTAATTTAAAATATTCATTCATCTTTTATTGGTAAAAGTTAATGTATAGCGTAATGAAATAAAATATCAATCTCCAAATTGGACGGTTTATCAATTTATCAATTAATATATATATATCTATATATCATTCAATTATTCAATCAATCAATCGATCGATCAATCGATCAATCAGTCAATTAATCAATTAATCTATCTATACATCTATCTATCTATCTATCCATC 1 0 3' arm Helobdella_robusta mirnest 100 100 -43 ...((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((......((((((.(((........((((((((((..(((.((.(((....))).))...))))))))))))).....))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))...)))))))) (-43)