mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATGTCATATATTTAG AAGAATATTACAGAATAAA AATTTATTATGTCATATATTTAGTATCTAAAATCTCGCACAACCATTATTTTTTTGCTGTTTGTCTAAGAATATTACAGAATAAAA AATTTATTATGTCATATATTTAGTATCTAAAATCTCGCACAACCATTATTTTTTTGCTGTTTGTCTAAGAATATTACAGAATAAAATTCAGTTGATTGGAAACTAAAATTTGTTTGATGAACGAAACAAACAAATAAATACAACGTAATTACACAATTAAGCAAAATCGAAAAAAGAAAGACATGATGTGGCATTAAAAAGTTTTTTTAAAAATTAGCGTTTTAGTTGTGATTGAAATGTCATTAATTTATTGTAAAGTTCTCGATTTGATGTCGCTGAACATTTTGACAGGACCAAATCGACGTCATCTTCGTTTTTTGTCTGTATTGCCAGATCACCTGCCTGCTCTAATAGCCCTAATTTGATATGATAAATGACCAGATGTTCCGGTAGGACTTTGGATAAATAATTTTTACCCTCGTTCACGTTATTGTACTTGATACAAACATCAACAAAGGGCTCGTAGCCAATGGGAGACTTTTTACTTTTCGAAAATTTATCCAGTTCCAACCACTGACCCAATTCGGCCAACTTTTGAATCTTTAACCACCAAAATCTTTTGTCACTTAGTTTGAAATCTTTCCTCATCTGTTCAACGCGCTTGTGTTCCTCCTTACCAATGAGTTGACCAATGGTATCATCGATGGAAAGATCAATGAATGGAAGATTCATCTCCTCCTCCAAACGTCTTTGAAGTTTCAGTAGTTTTAT 3 0 5' arm Helobdella_robusta mirnest 100 cin-mir-4172 0.0002 -12.5 ..((((((.(((.((((.(((((....((((.....(((.((.........)).)))..)))).))))).)))).))).)))))). (-12.5)