mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTTGGTTGGTTGGTTGTTTT CGCTACTCACTGATTGGCTGT AGTCGGTAGGTTCGCTACTCACTGATTGGCTGTCTGATGATTAGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGTTTTTTTAGTGAG GTCCGGATTCCCGGGATTGGCCATGATGATGGTGATGGTGGGAAAAATAATGGAGCGAATAAAAAAAAGGAGGAATCAAATTTTGACCGACGTATGCGTCAGAAAGAATATGGATCTATATCGGACCGCCTGGCAAACGACGATGACGTCATAAGCAACAACAACAACAACATTAACAACTACATTAACAACAACAACAACAACAACGGAAGCAGTGCAAACAATAGTTGCATGAAATGTAAATTATGCAGGATGAAAAGTTTCAAGTTTATAAAACGTTGGAGTTTATTAGCCTGTATGTCGATCTGCCTGCCATGTTTCTGCTGCTACCTGCCGCTGCTGGCTTGCCACAAATGCGCGTCTCGATGTGGACTGGCCGGTGGTCGACATGACGATAACGACGGTTTGTGAAGTCGGTAGGTTCGCTACTCACTGATTGGCTGTCTGATGATTAGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGTTTTTTTAGTGAGGCCTTTTGTTGTTTCCTTCATTGGTTGGTTGATTGGTTGGTGAATTAAATGGTTGGTTTTGTGGTTTGGTTGATTGAAGACAGTAAATCGTCTTCGATAGAATCATATTTTTGTTGAATAAATTAATTTTTTTAAATACAAATCTTGATTTATAGTAAGTTTATTAGTTAGGATGTTGTGTATTATTACTACAAAAGTGTGCGCGCTAAATAAATGTGCGCGTTTTATGTGTTTGTCGTAAGAATGTGTATAATGTACATGCATTACATGTGTGTGTGCTATAAAAGTGTGTATTTGAGAATTTAGTGAATTTGGCCGAAATGAATTTGCCTGTGTGTGTGTGTTTG 5 0 3' arm Helobdella_robusta mirnest 100 100 -18.2 ..(((.((((...((.(((.((((((((((((.((((...)))).)))))))))))).))).))...)))).))). (-18.2)