mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTATTGTCTGGTGATGATG TTAAAATCTGATGATTAGAATG AATAAAATACTATTAAAATCTGATGATTAGAATGATAAAAATGATTATCATATTATTGTCTGGTGATGATGGTTGTCAAT GATGAAAAATCCCGTTTATTACAAAAAATTCAATACTTTAACAGTTATCAAATTACAAAATGTACAAAGATAATAATAAAAAAGAAGAAAAAATAAATAAAAATAATAATAAAAACTATAATAATTATTAATATTATTATTATATAAATAATTTATACTGCCAAAATTTCATAAAATATGACAAAATAAAATAGAATAATGAAAATGCGAAAAATGAATGAATGAACGAATGATTAAAACATTGAAACTCCAAATAAGAAAAAATTTTGACGTAAAATTTTGAAATGAAAATAAAATACTATTAAAATCTGATGATTAGAATGATAAAAATGATTATCATATTATTGTCTGGTGATGATGGTTGTCAATGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTAAGTAGCAAAATAATGTTAAACTAATCAGATGTTGACAATGTTAAAAATTTATAACTGTAACATTAAAAAGTGAAGTTTATACAGTTCGGCCGAAATGATAAAATACTATTCT 4 1 3' arm Helobdella_robusta mirnest 100 100 -14.2 ........(((((((..(((.((((((.((.(((((((......))))))).)))))))).)))..)))))))....... (-14.2)