mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGCACGCACACACACACAC GTGTGTGTGTGCCATGCGTGTG CTAATGTATATATATATACATGGTGTGTGTGTGCCATGCGTGTGTGCATGTACACACGTTTGACACATTAAAATTAGTTGCATGGTGAGCAATTTACGATTCAACAAGTGGGGACAAACATGAATGCACATACACACACGCACGCACACACACACACANAGATATATAAACATATA AAAAAATACATTTTTTAGTAATCTTAGTTATGTTTAACATTAAATATATCGACGGTAAAATGAACTAGGCGTGCATATATGTATATTATTGCATAATAAAATTGAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATACATATAGCTGATTAAAATACCGTGCCAATACAATACAATACTGATAAATGCGCCTTCAAAAATATATGCATATGTGGTATAGCTTAAAAATAACGCAATACCAAAGCATCAAAATTAAAAAAAATTTTTGTATAATTGCTTGTATGTATTGGATGTATGTACGTAGGTATGTATGTATTTATATTATGTATTTATGTATGTATGCAAAAATGTATGTATGCATGCATGCAAGTGATGACATACGTGAATAATTATATCCTAATGTATATATATATACATGGTGTGTGTGTGCCATGCGTGTGTGCATGTACACACGTTTGACACATTAAAATTAGTTGCATGGTGAGCAATTTACGATTCAACAAGTGGGGACAAACATGAATGCACATACACACACGCACGCACACACACACACANAGATATATAAACATATAAATATTGATCAAGGCATAGAGTTATTATATATTTTTTAAGCTTATTGATATTACTCTGAGTGATTTTACAATAGAATGTACTGCAACATATGTTTTGGAATTGGTGATACAAATGGAAAGATTATTAAGTCATAAGTATGTTGTATAGAAAGTAT 3 1 3' arm Helobdella_robusta mirnest 100 100 -58.7 ...((((.(((((((.......((((((((((((..((((((((((.((((.((((.(((((.....((...(((.((((.((.((((.....)))).)).)))).))).))..))))).))..)).)))).)))))))))).))))))))))))......))))))).))))... (-58.7)