mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GAGTGACACTAAGAACACATA GTACAAATATCCAATAAGAGCATTTCTCCACAGGAGTGACACTAAGAACACATATGGTGGAATTGCTCTTTTACATATATAAAAGGTGCAATGATATGTTGTACTGTACAAATATCCAATGCACATACTTTTGTTTGTAAAGTCTTGTCGGCAATCCGTATGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCATGTTTCCTTTTTTATCGAT CATGAGTGATATGTTGTACTGTACAAATATCCAATAAGAGCATTTCTCCACAGGAGTGACACTAAGAACACATATGGTGGAATTGCTCTTTTACATATATAAAAGGTGCAATGATATGTTGTACTGTACAAATATCCAATGCACATACTTTTGTTTGTAAAGTCTTGTCGGCAATCCGTATGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGAGCACCATGTTTCCTTTTTTATCGATGTGCAACTCCAAGATTCGCTAATGGGTGAGACTTGTGCTGGGTTTAACCGTGGAGGCTCGATTGATTTGAGCAAGGTTGGCCCGTTTTAATTAATTTTAACTTGTTTATTAGTTTTTTTTGGAACAAATTGAAAACCCTGTGTAATATGTACTCTATATATACATTCCCTTGTACTTGTACGAGTGAGGCATATAGCAATAACAAGAATTATTTTGGTTG 2 1 3' arm Helianthus_petiolaris mirnest MIR398 0.0000008 vvi-MIR398a 0.00000004 -61.1 .................((((((..(((((.(((.(((((.((.(((((((((((((....((((((.(((((((...((((((((((((.((((((.(((((...))))))))).)).)))))...))))))).))))))).......))))))))))))))))))).))))))).))).)))))....)))))).............. (-61.1)