mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACATACACACATACATACAT TTATGTATGTATGTATGTATG ACACACTTACATACATACACACATACATACATACACATACTCATGTAATGATAGATGGAAGGTTGTGCGGATCTAAAAAAAAAAAGAAGATCGACGAGATGGTTCAACGAACGGTGGTAGATTTATGTATGTATGTATGTATGATGATGAT AACTTTGGAAAAAAATATCATTTATACAAGAAATCTTGCGTCGCTTAGCTTTTGCAGCATCATACGCAGTCGGACCTCCTTATAACGAACTTTTATATAACGGAAATCAAAATATAACGAAATTTTTAATGTCTCTTGGAATTTTACATATAAAACTCTTCCTGCAGAACGAAAATGATTTCTTTATAAGGAAGAAAATTTATAAAAGTTAAAAGAAATATTTGAAAATAAAAAAAAATTGTTGAACATAGTAAGCTGTAAGTTTCATTTCTGCAATAATATTTCACGTATTAAGCTTTTTGCTATATACATATCATGTTAGTATACATAGTACGCATAATTTTGTTTTTTTTTAAATGTTTGCCGCTATACTATACTATATTTCCTATCATAAGAATAAATGATTTAGAGATTGTATTTATAACTATATAGTATATAAGTGCCTTTTAAGAAGTATAGAATTTTTTGCTAAAATTATATATAACGAAATTTCTATAAAACGAATTTATATGGTGAAATCGTCAATTTCGCCGTACAGAGGTCCGACTGTATTTATTATACCATAAATGTTAATCGTGTTTGTACATGTACATACACACTTACATACATACACACATACATACATACACATACTCATGTAATGATAGATGGAAGGTTGTGCGGATCTAAAAAAAAAAAGAAGATCGACGAGATGGTTCAACGAACGGTGGTAGATTTATGTATGTATGTATGTATGATGATGATGGATTGA 2 0 5' arm Helobdella_robusta mirnest U4 0.0005 mmu-mir-297a-1 0.0005 -31.5 .........((((((((((.(((((((((.((.(((...(((.((((.((((.........))))))))(((((.............)))))...)))...((((...)))).)))....)).))))))))).))))))))))........ (-31.5)