mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTGTGTGTGTATGTGCAT GCACATAGAAACACAAATATT ATACGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGCATCTAGTTTGCACGCACTCTGTGCGTTGGATGAATGCACATAGAAACACAAATATTAACAAAAA CTCTTTCTTTCTCTTTCTCTCCGTGTTAATCTCTCTCTGTTTATCGGTTTCTATTTTTCCGTCTCTTCCTTATATATCTACATCATCCATTGTTTATACTTGGAAGGTATTGTGTTTCTACCACACCAGGACTCGTTAAATGAGGTTCTTTATTTCTTGGCACGAGTGAACGACGACGACACCGCACGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTCTGTGTCTGTGTATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTATACGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGCATCTAGTTTGCACGCACTCTGTGCGTTGGATGAATGCACATAGAAACACAAATATTAACAAAAATTAAACTAACAAAACATAAGTTTTCATATTTATTCATAGATTTTTTCATAGCAAGCGTACCACATACACAAATGTAAGCGCCAAACAAAATACCTCGTCGGTGTATTACTGCGTGTATGCATAGGTCAAATGCGTTCAATACGCAATGTTGAAAGGTATTACAATATCTATCAATAGCCTTTTTTGTTCTAAAATAAAAATTTTTCTATTTATTCTGATTGAAAAATTTGCATGTTTGCATCTATGTGTATATTCGCTTAGGTATGCGTGTATATGTGCGTGCGTGTGTATGTCTGTGTGCGTATGTCTGTGTGCGTGTGTGTGTATATGTAGATCTGTGTGCGCGCGTGTATGCGTGTCGGGGAATTTGAATATTCTGTGCATAATAGCGATGTGAAATTCAACTCTCGTATGCAAGTGCAAGCACATAAAACATTTGGAAGCGAACTGGAAAAGGAATGGAAAAAATTTTTTCTCATTGTGTGGGATGTTTGCGTGTTTGTATGTGTGTGTTTCTGTGTGTGTGTGTTTCTATGTGTGTTTGTATGTGTTTCTGAGTGTGTGTGTGTTTCTGATGTGTGTGTGTGTGTGTTCCTG 4 0 5' arm Helobdella_robusta mirnest 100 100 -30.3 .....(((..((((.(((((...(((((((((...(((((.((((((...)))))))))))..)))))))))...))))).))))..))).... (-30.3)