mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGG GGCAAGTTTTACTTGGCTACG TTTGATACATTCATCCATGTTCTTGCATGCGAATACAAGGTATGCATAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGTGTACTCATAAATCTATTTTTGGATTCGTTTTTTTTCTTAAAACCTAAAACACTGCACTCAAAAGGTGATCACCAATAACGCATCCGCTAAATATTAGTTTGTAAACAAACGTTATACAACCATTTCAAGGGTATTTCGACTGACTTTAGTCATGTTTTCATCCAATTAAAAGTAAATGTAACTTTAATTTATCGGCAAGTTTTACTTGGCTACGATATCTATCTGGTACTCACATGCTAGAACTATGGTGAGTTTGAGGAAG ATTGTCCAAGAAAAAGTCCATTTTCACATTTAGAAATCAAGTCTCATATTTGACTCTTTTTCTTCAACTTCATTTTTTCCAAATCCGGAAAGAATACTCATACCAATTCATCATCATTTCAAAATTATAAAGAAATACACGCAGTTGAGTCTTTTCTTGCTTCCATTCATGCAATTTGATACATTCATCCATGTTCTTGCATGCGAATACAAGGTATGCATAGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGTGTACTCATAAATCTATTTTTGGATTCGTTTTTTTTCTTAAAACCTAAAACACTGCACTCAAAAGGTGATCACCAATAACGCATCCGCTAAATATTAGTTTGTAAACAAACGTTATACAACCATTTCAAGGGTATTTCGACTGACTTTAGTCATGTTTTCATCCAATTAAAAGTAAATGTAACTTTAATTTATCGGCAAGTTTTACTTGGCTACGATATCTATCTGGTACTCACATGCTAGAACTATGGTGAGTTTGAGGAAGACTGCCGACACATACGGAGTATCATCTTAAGGTGACTTCGGCTTTTGGGAATAGCTATCACTCCTCTGAAAACGTGCAGTCGGGTCAATTTTCCTTTCAAGCTGTCGAAGCCGGAGATTATATGGCATGCTTTTATGCCGTTGATCATCAACCACGGCTTAAAATCCCTATTGAATTCGATTGGCGGTCCGGTGTTGCCGCTAAAGATTGGTCCACCGTTGCAAAGAAAGGTTCAGTAGATGCAATGGAATATGAGCTGAAGAAACTTGCGGATACCATCACTTTGATTCACGACGAANTGTTTTATCTCCGAGAAAGGGAAAAAGAGATGCAAGAGCTTAACAAGTCACAAATT 4 0 5' arm Helianthus_petiolaris mirnest MIR169_2 0.00000008 tcc-MIR169l 0.0000003 -75.7 .....((.(((((.(((((((((.(((((.((.(((.(((((...(((.((.(((((((...((((((((((((......((((..(((((.(((((.((((............((((.................))))..........)))).)))))..)))))...(((((....)))))((((((......(((.((.((......(((((((....)))).))).....))..)).))).....))))))))))...))))))))))))...))))))).)).))).))))).))).)).))))).))))).))))))))).))...... (-75.7)