mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTTTTGTTTTGTGTTTTCA GTCACATGAAACTTGACACAT GTAGATACAACCGTGGGTACAAATTCAGATTGGTCACATGAAACTTGACACATAAGTATAGAACAGTATATAATATAGGTATAGGATATGAGACGTTATTTTGTTTTGTTTTATTGTGTTTTGTTTTGTGTTTTCAGTATTTATTTGGGAGATCACAAGCAATCG CTGATTTTATTTAATGGTAGGAAAATTCTCAATAAATATCATTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATCTACTTACAAAAATTTAGATAGGTACAATTATACACTCACATCTTGATTGATAAAAAAAAAAAAAACAGCATTACAATTAAATGTGTAAAAATAATAAAAATATAAAAATTTCCTGGTCGATCTAGTAACCGATAACCTAATAATTCATTACAATTCTTCAATTCATAAATAATTATGTTGCTGCACTAAACAGTCAGACCCTGAACTCTCCGTATGTATATATATAATCAATGTGCAAATAGTGAACTGGAATAAGAATGTTAGAACAACTTTACTTTTTGCATTGCACAAGCACCACAAGACTATCGCCAGGAAATAAGATAAGAAATATACCGCTTTCAATAAAAATAAAAATAAAAAAAATCTTGTCATAGATTTTTATTTGGAATGGTGATGTGTTGCCGGCAGCTCATAAATTATACTGTAGATACAACCGTGGGTACAAATTCAGATTGGTCACATGAAACTTGACACATAAGTATAGAACAGTATATAATATAGGTATAGGATATGAGACGTTATTTTGTTTTGTTTTATTGTGTTTTGTTTTGTGTTTTCAGTATTTATTTGGGAGATCACAAGCAATCGTATTCTCTTGATTCCTTCTTCTAATAAAACAAAAAGATAAAA 4 0 3' arm Petrolisthes_cinctipes mirnest 100 100 -36.1 ............((((...(((((....(((((..(((((((((..((((((..((.(((((((((...(((((.....((((...))))....))))).))))))))).))..))))))..)))))))))..)))))....))))).....))))......... (-36.1)