mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAGTGCTTCAATGCTTAGAA CTAAGCACTTAAAGCACTTTCA TCAATATGCTTTAAAAGTGCTTTACAATGGTTCTAAGCACTTAAAGCACTTTCAATAGCTCTTAAAACCTAAAAAAAATACATGATTATAAAGTGCTTCAATGCTTAGAAACAATTTTAAACCTTTTAGAGATGCTTCA ACTTAATAAATCTTTATTGGTTCTTCAAAATAGTATAGTGGGCTTCAAAATGCTTCAAAAACTGTTTCAAAACAATAAAAAAAATGGCTTACAATACTTCTAAATTTTCCCATGCTTAAATTCAGTGACTTCAGTTTCAGTGCTTCATTAAGAAAGAATTAATTGATTTCAGAAGCCTTCGATAGCCCTCAATATGCTTTAAAAGTGCTTTACAATGGTTCTAAGCACTTAAAGCACTTTCAATAGCTCTTAAAACCTAAAAAAAATACATGATTATAAAGTGCTTCAATGCTTAGAAACAATTTTAAACCTTTTAGAGATGCTTCAGAATGCTTCAAAA 1 1 3' arm Petrolisthes_cinctipes mirnest 100 100 -27.9 ........(((((((((...((((.(((..(((((((((.((.(((((((((..((((.((......................))))))))))))))).)))))))))))...))).)))).)))))))))........ (-27.9)