mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTAGGGATGGAAGCCATGA ATGGCTTTTTATTCCTATGTGA AGATAAATTCACTCTAGTGTTTTATGGCTTTTTATTCCTATGTGATAGTAATAAAGTCTCATGTAGGGATGGAAGCCATGAAATACATTGTGAAAAATCAT CCATTTCAGNGTCTTTCTTGTCATTGAAATGTAGGTTAAAATGTTCAGTAATGTAGCANGAAATCNTTGGTAGTTTNGGAATGGTGANGAATCATGTGAAGAAAATAAGTTTGCATCTGATCAAGATAAATTCACTCTAGTGTTTTATGGCTTTTTATTCCTATGTGATAGTAATAAAGTCTCATGTAGGGATGGAAGCCATGAAATACATTGTGAAAAATCATCAACTCAGATGGGGCCATCAGGATAGAATGCTGTAGTTGTAGAGCTATGGAGAATGATTGGAAGATGGTTTAGTGTGTCATCACTTTGACTACCATGTTTTTGCATTTTGTTTCTTCATCCTTCACCCATGAATTTTGATGAGAGGAAATCAGTTTGTAACAAGATGATCCATCTTTACACCAGTGTTCAATATTTAAATTGTTCATGCATCTTTCATTTTCTGCAAAAGATAACACTGTATATGAAACCCTTAGCTAAGAATTTAATATAGCTAATAAACACATGCCAAAATGAATACAAAGAAATGCCAATGAATTTCTAAGTGCTCGGAAATAAGGAAGGAAACAAAGCAAGGTCTACCCTGTTAGCAACTGCTCCAGAATCTTTATTTCCATGTTTAAGAGCAAATCTGAGATGTAACCAGGAATTAAAAAAGAATTCTTTTATCTGCTTGCATGTCTATCTGAAAGTGCTTATTCTTTTCCTTTCTGGAACTGGGATGAAGGCTGACAGTTGTTGGGCTCAGAAAACAATTTCTGGCAAAATCCTTACAGTGCTGCTATTCCACATATTGCCTTACTGCTCCATCTCCTTGGCTTTTGTATACCAATTTCCTTTGGGAATGTTTTGGGGAATGTTATTTATTCTGATGCAACTATTTCCAATTTTTCTGTTGTAATATTTCTCTGAAGCATATGTTAATAAAACATTATTGATTTTTTGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAACGCGGCCCC 0 1 3' arm Taeniopygia_guttata mirnest mir-135 9e-45 oan-mir-135a 1e-52 -34.6 .(((...(((((....((((((((((((((((.((((((((((((.............))))))))))))))))))))))))))))...)))))..))).. (-34.6)