mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCA GATTCAGCGGTTCATCGATC TTATTGTCATTTGTGTTCCGTAGAGGATCACTGGATTCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCATAATCCTAATGATTAAATGTTCATACGACGATTGAGAGAGGTGGGAAATGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTGTTCTTCCTGCTTAGCACGATCTTGTTT ACAAAACAATGTATGTTAATGTCGGATTTTGATATTTCCGGTTTTAATGGTGTTTCATATCTATGTACATACTTTCATTATGTATCTTACTTTCGTTTGTTATGTTTATTGTCATTTGTGTTCCGTAGAGGATCACTGGATTCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCATAATCCTAATGATTAAATGTTCATACGACGATTGAGAGAGGTGGGAAATGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTGTTCTTCCTGCTTAGCACGATCTTGTTTGTGATTCGTAAAAATATAAATGGGGAAATCCAGTGCACAAGACTCTTGCATGCACGGGTCATGTCGTGTCAGGTGAACTTGGGTCTGATACGTTGTAACAGACTCAAGATGTTTTTTTTTTTTTCACTCGGTTGGTTTTTTTTGGACATGAATTTTTGGTTCATGTAAGACTAGGTCACATAAATAATGAAATATTTGTCTTTATTACGGTGCAACTAAAAGCTAAAATCGAAAATAAAAAAGTTATGTGTCGTTCAACGACAACTTAGAAATAATAAGTGAATTAGTTGATCCAGTTGTTACTCTTTTTCATTACTTTTCAATTTGTAAATTGTAATTTTTTTGTGGTTTCATAAATCTTTGAGTCAATGTTCTATTTTGTAGTAAGTTGTTTCTACGACTGAGCTCATTACTATAGATCATATGACATTATGGCTGTATAAAAAGCTCGTCGCTCGAAGTTCGCTCGAAGCTCACTCGGATTTAGCTTGGAAAAAAGTTCGCACGATATAGCTCAGTTTGAAAGTGAG 3 0 3' arm Helianthus_petiolaris mirnest MIR162_2 0.00000001 osa-MIR162a 0.0000000006 -59.4 .......((.(((((((..((((((((.((((((((.(((.((((.(((((((.(((((((..(((((....((((.((((.....)))).))))......))))).))))))).))))))).)))).))).)))))))).)))).))))..)))))))...))... (-59.4)