mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACT CTCAAGAAAGCTGTGG TGGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTTGCCTTGCTTAATCTGTGTATATATAGATCACTACATGTACAGCTCCTATATATATAAATATATGTATGTATAGCGCCATGGAAGCTCAAGAAAGCTGTGG GTTTCTCTCACTATATTTTCACTTCAACAAAAGAAAAATAAAGGGATATGAGATCTGAGAAGATTTGAAGGTTTTGTGTTTAATCTCGCAAGTCCTGGTCATGCTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTTGCCTTGCTTAATCTGTGTATATATAGATCACTACATGTACAGCTCCTATATATATAAATATATGTATGTATAGCGCCATGGAAGCTCAAGAAAGCTGTGG 3 0 5' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR396 3e-39 ptc-MIR396e 2e-40 -40.3 .(((...)))...(((((((((((((((.(((((..((...((........(((((((.(((....))).)))))))))..(((((((((((......))))))))))).))...))))).))))))))))))))) (-40.3)