mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTGCACCTGCACCTGCACCT GTGCAGGTGCAAATGCAGATA AAAACACCAACATGGCATTCACCTGCACCTGCACCTGCACCTCAAGCTTGTTTTAATGTTTCAAACTTACTTTTGGTTTTGGAGTCAAAAACAAAAGAAAGAAACAAGTAAGGTGCAGGTGCAAATGCAGATAAAGGCAACATGTTGGCAT TTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTGAATGTAATTTCTATATATTACCTTGAAAACCCTAGCGCCCAAGTGGAAGATCGAGAACTATATATCTAGGATAGGCACCAGCTTGCATATTCATGGATCCGTCCTTCATGTACACCAAAGATCTCCCAAAAAACCCTTAAAATAGTCTTCCGCAACCATGGATTTGTGGCTGCACGATGTCTTCATCATCATCACCTCTATAAACACCAGCCACCTACATAAAGAAGTTAATGGTCAGACTCGGTCGCTGTTGAAAAACCCATTTGTTCTCTTGGATTATAGCACAAGAGTTCTCTAACCCTTCCCTTGAAGATATAAAAAAGCCCGTACATTTGTGACAGCTTGAAGCTGCGAGTTACCACACAGGGACCAAATTAAGGAAAGTAAAGAGGCAGTACGACAAGTGTCAAAACACCAACATGGCATTCACCTGCACCTGCACCTGCACCTCAAGCTTGTTTTAATGTTTCAAACTTACTTTTGGTTTTGGAGTCAAAAACAAAAGAAAGAAACAAGTAAGGTGCAGGTGCAAATGCAGATAAAGGCAACATGTTGGCATGCTGGTCTGTTTATAATATTACTCAACGCCAAACAACTAGTCGATCGATGCTTGGCCTCTCTGATCTTTCATCCTCCGGGCTCTGACAAATTTCCCGAGTGCCAGGAAAGATTTATAGAGCGAGAGAGGGAGGGGGGTGG 3 0 5' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR530 8e-77 ptc-MIR530a 5e-78 -53.9 ......((((((((((......(((((..(((((((((((((...((((((((............(((.((((((.(((((....))))).)))))).))))))))))).)))))))))))))..)))))......))..))))))))... (-53.9)