mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCAGCAGGTTTTGCATGCTCT GGGCATGCACTCTTGTTGCCA CTTGCATAACATGGGCATGCACTCTTGTTGCCATAGGTACCTGGTGGAACACACCGGCATCTGTTGCAGCAGGTTTTGCATGCTCTGTGGCATAC TTTTTTTTTTTTTTTTGAACAGAATTTGACAAAATACATACTGGAGTATAAAGATGGAGACAAAATAATTACTTATAACCAGAACAAATTCCTCTCGATGAGGCCTTAAAAATCCTCAAGCATAGCTTGATTTTATCCCCTTATTAGGTAACACATAGATTAACCAGCTAGGAAATAGTAGAATCAACATTCAAAAGACATTTGGATGTCCTGCACTCCAGAAACTACATAGTTGCATGAAATTTAAGGGCACTTGGGCTTGTTTCCATGGGTCCTAAGGCTTGCATAACATGGGCATGCACTCTTGTTGCCATAGGTACCTGGTGGAACACACCGGCATCTGTTGCAGCAGGTTTTGCATGCTCTGTGGCATACATTCTTTCTTGACGATGCCCTGCATCTCCTTGCGCATAAATAACCACAATTGATTCTTTTAGGATAATGTTTCTTATCAATAGCTACCACATCGCTTTCTTCATCCATATTAGCTGGAGAATTTGCAGCATTGCTAAGGAATGAATTCCCTACAAAAGCCTGAATGAGCAGGATGGAGATAAAAATCAAGAGTAGCTTCATCTTATGGCTAGCTCTGGTGAAGTGATAAGGTTGGTGAAGAGTAATACGAGAGA 2 2 3' arm Populus_trichocarpa mirnest 100 100 -43.4 ..(((...(((.(((((((((..((((((((.((((((.((.((((.....)))))).)))))).))))))))...)))))))))))).)))... (-43.4)