mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCCCAGGATCATGTCATGGTG TCATGATAGGGAATTGGGAGT TACATCATGGTACATGTTCATGCATGTACCAGCCCAGGATCATGTCATGGTGTGTGCGTATGCATGGATCTGGTGTACATGCATGCATGCATACATGTCTGTAGATATCATCACATCATGATAGGGAATTGGGAGTAGGCAGATTTTTAGAATGCCCGTTATTG AAGAGAGTACCGGTTCCTCCGTTGACGCATCAGAGCAAACAGACCTCCACCTCCACCTCCTCCGACGACACACACCTCTACGCACGCAAGGACCAAGTATCAGCTAATGGCTTCTTGGAAAAAAACCATTACATCCCCTTTCAGGAAAGCTTGTACTTTCTTCAACCAGCAGCAACCCGTCACCAGGGACAAGAAGTCCCAGCCAGGGGAGGAGAAAAGGGCGATGGACCTTCATGGTGAAGTCATGGCATGTGGTTATGAAGATGTTCAAGTGATGTGGTCGATTCTTGACAAGTCCAAATCCGCCACCTGCGACATGACCGCTTCTTGATCCCCTAGCTATACATCATGGTACATGTTCATGCATGTACCAGCCCAGGATCATGTCATGGTGTGTGCGTATGCATGGATCTGGTGTACATGCATGCATGCATACATGTCTGTAGATATCATCACATCATGATAGGGAATTGGGAGTAGGCAGATTTTTAGAATGCCCGTTATTGGATTAGGAATCGGTGATGCTGGAGGA 3 2 5' arm Populus_trichocarpa mirnest Clostridiales-1 0.0006 rno-mir-297 0.00003 -53.8 .......((((((((((....)))))))))).(((((..((.(((((((((((((((....)))).((..((((((...((((.(((((....))))).)))).)))))))))))))))))))..)).)))))....((((..((....)).))))........ (-53.8)