mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA TTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAAAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACGA TCCGACCCACTCCTAAATATGTAGTATATAAGTAGGGCTATTTACGGAAAAGAAATTAAAATTATTTTTTTGTAGAGAAGGAGAGAGGATTTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAAAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACGACGCCGCCGCCGAAGCAGAGGCAGCAGCGTTAGATCTCTATAGCGTGCTCTTTATATCTCAATCAGATCTCAGGTCTTCTCATATTTTTACTACAAGAAAAGGAGAATTTTATTTTGATTTGATTACTTATAATAGATCTTGGCCCTCTTGTGGTTGAATCGAATACACTGTAGTTGTTCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR168 6e-81 ptc-MIR168b 7e-71 -67 ......((((((.((((((((.(((((.((((((((((.(((((.(((((((.....(((..(((((..((((((((......))))))))..))))).......)))......))))))).))))).)))))))))).))))).))))))))))))))...... (-67)