mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TTTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAAAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACGAC TCCGACCCACTCCTAAATATGTAGTATATAAGTAGGGCTATTTACGGAAAAGAAATTAAAATTATTTTTTTGTAGAGAAGGAGAGAGGATTTTTAGTTACCGGCGGTCTCTAATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTAAACACGATTGGCTGTGAGGCAAATTATAAAAAGAAAAAGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGACCGCGGTGAAGACGACGCCGCCGCCGAAGCAGAGGCAGCAGCGTTAGATCTCTATAGCGTGCTCTTTATATCTCAATCAGATCTCAGGTCTTCTCATATTTTTACTACAAGAAAAGGAGAATTTTATTTTGATTTGATTACTTATAATAGATCTTGGCCCTCTTGTGGTTGAATCGAATACACTGTAGTTGTTCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 3 0 5' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR168 6e-81 ptc-MIR168b 8e-71 -67 .......((((((.((((((((.(((((.((((((((((.(((((.(((((((.....(((..(((((..((((((((......))))))))..))))).......)))......))))))).))))).)))))))))).))))).))))))))))))))....... (-67)