mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCGCCTTGCATCAACTGAAT TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAA ATTTACTTACCGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTCGACATGACTGGTTGTTGTGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAACAGGAAAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCGGTGAAGCAGA GGTATTTTTAGTCGTGTGTGAAAACCGATCAGAGAAGGAGAGACGATTTACTTACCGGCGGTCTCTGATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGAACTGATTCGGCGATTTGATTGCCAGATGGCTCGACATGACTGGTTGTTGTGGAAAAAGAAAAGGAAGGAAACAGGAAAAAAAACAAAGAATAGCGAATTGGATCCCGCCTTGCATCAACTGAATCGGAGGCCGCGGTGAAGCAGAAGCCGCCGCCTAAGAAGCTGGATCTCTAAAGCGTGTTTTTATATTTCAATCGGATCTCAGGTCTTATCTTATTATTTTTTATTTCTATAAATCTTGAATTCATTTCTTACACCTACAGAAAATAAACAACTATAGATCTTGCGTTTCTTTTGGCTGAATCAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR168 3e-43 ptc-MIR168a 9e-40 -66.631 ......((((((.((((((((((((((.((((((((((.(((((.((((((((.(.((((....((((((((......)))..)))))..((((................................)))).)))).))))))))).))))).)))))))))).))))))))))))))))))))...... (-66.631)