mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTGCCTACTCCTCCCATT ATGGGAGAGTATGCAAGAAG GGCCGGGGGAGGGAAACGGAGAGTCTTAGCAAGTCTTTGGAGATGGGAGAGTATGCAAGAAGGAAAAAATCATGATTTAATATCCCTTCTTGCCTACTCCTCCCATTCCATCTGCTTTCTGCGACTCCTCTCTTTCCTTATTCTAGA GGCCGGGGGAGGGAAACGGAGAGTCTTAGCAAGTCTTTGGAGATGGGAGAGTATGCAAGAAGGAAAAAATCATGATTTAATATCCCTTCTTGCCTACTCCTCCCATTCCATCTGCTTTCTGCGACTCCTCTCTTTCCTTATTCTAGACAAAAGCGTGATCTAAAATTAATCAAGGAGCAAGAGGGAAAGGAAAGAGGGTTGCTGGGAGTTACGGGTATGGGAGGATTGGACAGGCCTGCTTGGTTTTAAGTGACCAAAGTCTGTTCTTTCCAACGCCTCCCATACCGGTGATCTCCAGCTGTTTCCTCCCTTTCCCTTGCTTGTCCTGCTTCAGATCCTTCAGTTTGGTAAGATCTGCCCCTGTATGCATGTCGTTGGTCTCATGATGATGATGCGTGCTCTTCTTTTGTTTTTGAAAAAAGAATATCATTTCGTTGACTTGTTAATCTTGCTTTTATGCGGGATATTGTTATGTGTCTTGTATAAAGATTTTATTCGCCCTTTTTTTTATGCTCAGGTGACAGAAGCGAGTTGTTGGTTATGGA 1 2 3' arm Populus_trichocarpa mirnest 100 ptc-MIR482 2e-46 -56 ....((((.(((((((.((((((((.(((.((((...((((.(((((((((((.(((((((((.....................))))))))).)))).)))))))))))...)))).))).)))).)))).))))))).))))... (-56)