mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGGGAACAGGCAGAGCATGG ATGCACTGCCTCTTCCCTGGC ACAGATGAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTACTAACAGAAGTACTTGTTTTGGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCT GACCCAAGGGGAAGCGTGTTCCAAAACTTTGTTGTAAGCTTTTTTTTCAAGGAGAAGGCTGAGGCTTTGAGAGGTTAATTTTGGTGGCAGTAGCTGGCATGGTATGGAAGCACAATGAAAGGTGAAGGTACGTAAACAGGGATCGTGGGGAGAGGGAGCAGAGACAGATGAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTACTAACAGAAGTACTTGTTTTGGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCTTCCTTTTCTCCTCCCTTCTTTTGTTTCCATTAACTTTTTTTTTTGTCACTTAATTTAGAACTGTGATAAGCGATATATAGTAGCAGCAGCTGCACTTTATTCAACAAGAAGAAAAAAAATCGTCCTAGCACTGACCATTAGTGATTTATGACATCATTGTATTAAATGCTATTTATTTGTTTCTCTTTTTAGCCCTAATCTTTCTGCAGAGAAAATAATCCATATGATCGAAATAACAAATGTATGTAGGAAGCGTTTTTCGCTTCCACCGTAGTGAGTTCAGCACCATCGATCAGAGACTTCATTGCTAGGGACAGATTTGTACAACTATTCCTTCTTTGTTTACGTCCAAACAACAAATCAATGGTGATATCAAATTTTTAGTTTCCAAGCAGATGAAACTGCTACATTTTGACGAGTTTATATATCATAAGAATAGAGTATCATGTGGTTCCTTTTATGTATTTGAATCACTGAGGTAATGTAAAGCTTGTTGTTATCTTTGGCCGATGGTAAATTCGCCCTGAGGATATGAATATGGTCACTTGCTGCAGTCAGAACAATTTTCCAGGGACAAACGTCCTTTGAGGACAGCTCCTCTAAGCATGAAG 2 0 5' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR408 9e-51 ptc-MIR408 5e-52 -46.9 .......(((.(((((((.((((((.((((((.((((((((..(((((......))))).)))))))).)))))).)))))).))))))).)))...... (-46.9)