mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAGAGCATGGATGGAGCTA GCTCTACCCATGCACTGCCTC GACAGATGAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTACTAACAGAAGTACTTGTTTTGGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTC GACCCAAGGGGAAGCGTGTTCCAAAACTTTGTTGTAAGCTTTTTTTTCAAGGAGAAGGCTGAGGCTTTGAGAGGTTAATTTTGGTGGCAGTAGCTGGCATGGTATGGAAGCACAATGAAAGGTGAAGGTACGTAAACAGGGATCGTGGGGAGAGGGAGCAGAGACAGATGAAGACGGGGAACAGGCAGAGCATGGATGGAGCTACTAACAGAAGTACTTGTTTTGGCTCTACCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTTGTGGCTCTTCCTTTTCTCCTCCCTTCTTTTGTTTCCATTAACTTTTTTTTTTGTCACTTAATTTAGAACTGTGATAAGCGATATATAGTAGCAGCAGCTGCACTTTATTCAACAAGAAGAAAAAAAATCGTCCTAGCACTGACCATTAGTGATTTATGACATCATTGTATTAAATGCTATTTATTTGTTTCTCTTTTTAGCCCTAATCTTTCTGCAGAGAAAATAATCCATATGATCGAAATAACAAATGTATGTAGGAAGCGTTTTTCGCTTCCACCGTAGTGAGTTCAGCACCATCGATCAGAGACTTCATTGCTAGGGACAGATTTGTACAACTATTCCTTCTTTGTTTACGTCCAAACAACAAATCAATGGTGATATCAAATTTTTAGTTTCCAAGCAGATGAAACTGCTACATTTTGACGAGTTTATATATCATAAGAATAGAGTATCATGTGGTTCCTTTTATGTATTTGAATCACTGAGGTAATGTAAAGCTTGTTGTTATCTTTGGCCGATGGTAAATTCGCCCTGAGGATATGAATATGGTCACTTGCTGCAGTCAGAACAATTTTCCAGGGACAAACGTCCTTTGAGGACAGCTCCTCTAAGCATGAAG 2 0 5' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR408 6e-52 ptc-MIR408 4e-53 -46.9 ........(((.(((((((.((((((.((((((.((((((((..(((((......))))).)))))))).)))))).)))))).))))))).)))....... (-46.9)