mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCACATTCGGTCAACGTTC ATATTGATCGAATATGTATG ATATTTCCTTGTTTATCCCTCGAATATTGATCGAATATGTATGAAATATGATGGTTATATGTTTCATTCACATTCGGTCAACGTTCGAGTGATAAACAGAAATAAT GAAGATGCAGCTTTTTTCTGTCTAAAATCTAAGGTAGAAATACCTGGGTAGCATCCCATTGATTGGCTGGCTTGATGCAGAGCTTATCGAATATTTCCTTGTTTATCCCTCGAATATTGATCGAATATGTATGAAATATGATGGTTATATGTTTCATTCACATTCGGTCAACGTTCGAGTGATAAACAGAAATAATTGGATCTTTACCAGCTGCAGAAATGGCTACGGAGTCCATTTATAATAGAGGTGGCTTTCCCTGCAACGAAGTGAAAATTGAGGGGATGGAGCATTAAAGAAACATGGAAACGTCTCCCTCGTGCTGGATTTTGGATAGTGGATGGCAGGCCGAATCTGCTACCAGCATGCTAACGCTCAAGCTTCACAAGCAAGCAGTGACGCTGGTATGCCAATAACAGAATATTTTCATCAAAGTGTTAAAAAAGGGGAATCTGCCATTGAGAAAAGTCAAACAAAACTACTAATCATCTTGCATGACATTAACATACATGATGCTCATCATGTCTGATAAGTCATAATTATGCTCTTTTAGGTCTTCTACAGATGCTCGAAACAAGATCCCAGTGGTGCCACAAATCCATCACTCCCCGAATCCTGATTAACAAAATTTTATCACAATTCAATATCT 3 0 3' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR1444 9e-42 ptc-MIR1444b 5e-43 -42.5 .((((((..((((((((.(((((((.((((((((((.((.((((((((((.......)))))))))).)).)))))))))).))))))).)))))))))))))).. (-42.5)