mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAACAGGTTAATCCGTCAACT TGTAACGGTTAACCTTTTTAA ATAAATAGATTTCGTTACCGATGTAGATATATAATTGTTTTTAAACAATTTGTGTAACGGTTAACCTTTTTAATCAATCTATTTGATCAAACAGGTTAATCCGTCAACTGGTTTATAATTAATTTAATATGTTTACAACTTGATAACTAACAATTTAC CGGGGGCATTATTTTCTACCAATTATTTATGGTTGTGAGATCGATAGTATCCTAATTTAATGTATGTCAAGCTGCTGAGTTTGATTTAATTAGCCAAAAAAACTTGTTTTAAGTTCTCATTTCTAACACCGATTCATAAATAGATTTCGTTACCGATGTAGATATATAATTGTTTTTAAACAATTTGTGTAACGGTTAACCTTTTTAATCAATCTATTTGATCAAACAGGTTAATCCGTCAACTGGTTTATAATTAATTTAATATGTTTACAACTTGATAACTAACAATTTACAAACTTGTACTTAAATTAATTTGACTCGTTTAGTATCGTTTAGATAGGTTGTCTTTGGGGTACAAGATTCTTTGATTTTGCAAATTTATGAATAGTTTATTTGACAAGAATAATTATAGAGTCGTCTTGTCTTACCGGAACAAAGCCACGCCATTGCCACTACATGTGATATTTTAAACGGTTTGATATAAGTCGCTTAATAAAATTATAGTAGGGAACGTGGTGCATGTGTCGAAGTAACTAGTGGTACACTGGTATGTGAAAATTTTTAAATGAACTCAAGACAAAAATAAATGTTATTTTTATTGAATAACGGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCATTTATGGTATTTTTCTAGTTTCTATTGGCCTTGGCGTATTAGCCAAAATTTTGTATAGTATATGTATATTTTAAAAAGAAAGCAATATATATAGCTAGAACATATATAACATGTATTGAGAATAAATGAAAAATTAAATCTTGATTTATCATTTATTGTAAAAATAACAGGTGTAAAAATAAACGGGTTCGCTTGCAAAAGCACATATCAGCTGATGATTTCTTCTTCGCGGGGTTAGCAAAGCCGGGGCTAACTAACAACACTTCGGTGCAACGGTACACTAGCACTGTCAACCAATCAAGGACTAAACACCCGGGGGG 4 2 3' arm Helianthus_tuberosus mirnest 100 100 -35.4 .............((((.(((((((((((((((((((.((.(((((.....((...(((((((((((.(((.(((((.....))))).))).))))))).))))..))..))))).)).)))))..)))))))))))..))).))))........... (-35.4)