mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACGGCGTGATATTGGTCCGGC CGAATCAATATCACTCTTGT TCTGGCCATGTTTCTGGAGAAGTAGACACGGCGTGATATTGGTCCGGCTCATCTTCTGTGCATAAGCATCTGAAGTTCTTCACTCATGAAGACGAGCCGAATCAATATCACTCTTGTATGCTTCTTCCCATCATCTCTAGT GATTGAATTGAAGCAGTGTTTCATGGAAGAGATCGAGGTCATGAAATGATCTGGCCATGTTTCTGGAGAAGTAGACACGGCGTGATATTGGTCCGGCTCATCTTCTGTGCATAAGCATCTGAAGTTCTTCACTCATGAAGACGAGCCGAATCAATATCACTCTTGTATGCTTCTTCCCATCATCTCTAGTGTACTGTTTCAAGAGCACAGGAAACAAGTTCTTAGCTAGCCTGCTTGCATAGTTTCTACTCCTTTTAACTTCTCCTAGCTAGTTTTCCTGAAGATTTCTTCCTTTCATTGTTATTTTTTTGAATGGATACCCAGCCTTGCACACTGGATTGTTCAACTCGTTGATTCTGATATAGCTTTGGAGAAATGCTTTCTGCCCTCATTTTGTTTTTTCTATACCTTGTCCATATATAAATATATAATAACCAGAAATTAA 2 1 5' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR171_2 6e-56 ptc-MIR171l 1e-56 -49.3 .((((..(((.....(((((((((.(((.((.(((((((((((.((((((..((((.((((....))))..)))).((((((....)))))).)))))).))))))))))))).))).)))))))))....)))..)))). (-49.3)