mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATTCACGCACAAACTCG GGTTTGTGCATGAATCTAATA CATCGTCATTTAACGGGAAGAGGCATATTTCAGGTTTGTGCATGAATCTAATATAGCTAAAAAAATCCCATCAAACACAAATTAAAATACTAGATAGCAATCAGCACTAGTTTAGTATAGTATTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCTTTTTCAATTCCTTTCTTCT GAACGAAGAGCCTTTTGAAATTGTCCTCTCATCTCTGTCTCTCTCCCTCTCTCCCACTCTCTGTTCCATCGTCATTTAACGGGAAGAGGCATATTTCAGGTTTGTGCATGAATCTAATATAGCTAAAAAAATCCCATCAAACACAAATTAAAATACTAGATAGCAATCAGCACTAGTTTAGTATAGTATTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCTTTTTCAATTCCTTTCTTCTTCTATTTTATCTTTCCAGCAGGCAGGCCGCTCTTGTTCTTCCATGGATTTTCTTGTCTCTTCTGCTGCAAATCTTGATGTCCTTTGGCGCCGTTGGCTTTGGGGATCATCTTTCAGTCAAGTAAAACCGCTCTATTTTAGTTTTTCTTTTGCCGCACTCTGTTTTTATTCCGTTTTTATTTATGTATCTTTGTGGGATTTCTTAATTTTAGGTTCAGAATCCCATGTCAATAATTTTAGTAATTGAACATTATTAAAAAAAAAA 3 0 3' arm Populus_trichocarpa mirnest MIR403 2e-56 ptc-MIR403a 3e-58 -41.3 ...(((......)))((((((((((.(((...(((((((((.((((((((((((.(((((............................(((((...((.....)).))))))))))...)))))))))))).)))))))))...))).)))))))))).............. (-41.3)