mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCTTCTTCG AGGAGGATGATGATGGTGAGT TACCGCAAGCCATCACTTCCATCATCATCATCATCATCTTCTTCGTCGTCGTCTAGAGCAATCCCATTAATTCCAAGATCACCTCACGTGGCGGAATACGCGTCGCAGTCGGTACCGATAAGGAAATTGAACCAGTCGGCCCCGATGAATGTGCCGGTGTTGTCGATTGCAATGGCGAAACAGAGGAATAGCAGGTTTAAGGAGGATGATGATGGTGAGTTTGATGGAGACGAAGAGATGT GCCGCCTCCCGTTACCGTTTCCTCGGCATCCCCTCCTCCACTTCCTCCTCCTCCTCCTTGGCCGACGGAAACGGTGACAGTAACGGTAACGGAGATGAGCTCAACGAGGATGATATTCTCTGGACCAACGATTACACCGATCAAAGCCTAAGCAATTCCTCCTCCTCCTCGCCAACAACCACCTCCGCCAACAACCTCCAAAGTAAATCTAACCACCTCACAGCTTTCCCTAAGAACTCGGGCATTCTCGCGGCGTTACCAGAAACCAACCACAACACGGTTCTCTACCGCAAGCCATCACTTCCATCATCATCATCATCATCTTCTTCGTCGTCGTCTAGAGCAATCCCATTAATTCCAAGATCACCTCACGTGGCGGAATACGCGTCGCAGTCGGTACCGATAAGGAAATTGAACCAGTCGGCCCCGATGAATGTGCCGGTGTTGTCGATTGCAATGGCGAAACAGAGGAATAGCAGGTTTAAGGAGGATGATGATGGTGAGTTTGATGGAGACGAAGAGATGTTGCCGCCTCATGAGATTGTGGCACGAGGGTCGAGGCGGTCGCCGAAGACAACATTTTCGGTTCTCGAAGGGGTTGGGAGGACGTTGAAAGGAAGGGATCTGAGACAGGTTAGGAATGCTGTTTGGCGTCAAACTGGGTTTCTTGATTGATTTTGATTATTCATTCTACTGCTATTGTTATTGGTGATGTAGTTTTGATTTATTTTGGTGGGAATTGCAGTTGTTACAATTTGTGGTAAAAGATTTTGGAAGATGGTAATTAGAATTGAATGTAGTTTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Populus_trichocarpa mirnest 100 100 -67.6 ............((..(((((((((((((((((((((((((((..((.(((((....((((((.............(((((((.(((((.((((........)))).(((((..(((((..((........)).)))))..)))))..)))))..))))..)))))))))...)))))....)).((((.....)))).)))))))))))))))))))...))))))))..))........ (-67.6)